在烟草这一行业里，配方一直是一个高深莫测的神秘话题。每一种香烟的配方都不一样。但其中大部分都不是秘密，只有最关键的那部分是绝对保密的。
“关于云烟最关键部分的配方，是红云集团最重要的财富之一，整个工厂，也只有极少数人才知道。”李嘉山说，作为多年从事烟草科研的技术人员，她对香烟了解甚多，她说：“整个香烟的生产和复杂的配方，就是去除那些杂质，让烟叶真正的香味透出来。不同的国家和地区的人的口味完全不一样，那是根深蒂固的、具有民族性的。所以云烟的秘密就在于，它融合了中国人的口味和传统的养生学的科学精华。”
“众所周知香烟里必须添加酒和糖，以使烟叶具有柔韧性，在加工过程中不破碎，并增进卷烟的色泽。我们当时拿了各种酒来做实验，其中一种洋酒叫朗姆酒，那真是做烟的好东西。后来我们决定用山西的汾酒，此外我们还用了山西的大枣，山西给云烟提供了两种辅料。”瞿怡静说，这些在卷烟业内并不是秘密，后来许多香烟品牌也模仿云烟的风格。
像瞿怡静这样的老人，一直怀念老工艺留给人们的陶醉，他记得，当时试验人工醇化，汽油桶、小棉袄都用上了，经过醇化后的烟丝有一股甜甜的枣香味，香得醉人。由于机械化生产的程度低，香烟在生产过程中经过三道醇化工艺，最终出来的香烟杂气排出彻底，味道醇和。而今天的云烟生产，则采用大批量库存、自然发酵的工艺，一般烟叶需库存两年方才能拿出来作原料，以保证其质量。这些工序，除了增加烟草的香醇外，还有降低烟草中有毒物质的作用。
此外，研究人员还使用了当时能收集到的各种香精和香料，经过医学证明对人有益处的各种中药材被广泛地拿来做实验，看能不能成为合适的香料。研究者最后决定采用进口的香精，这其中香兰素到现在仍然是云烟的重要香精，并在很多香烟中得到运用。
“我们当时尝试过各种各样的配方，桂皮、大枣、蜂蜜，这些都是常用的香料，有一个配方采用了产于西双版纳的一种非常特别的香料，因为很特别，只在1959年生产的样品里使用过，那批烟曾经在成都会议上让毛主席品尝过。后来这种香料再也没有使用过。”王以礼说。
“再特殊的香精和香料，也只是辅助的作用，真正的卷烟的醇香来自烟叶本身，烟叶的香味和品质就是卷烟的灵魂，后面的一切工艺都只是为了把烟叶的香味发挥到极致。”瞿怡静说。