一、塑料薄膜管理采用塑料薄膜育苗，具有保温、保湿、幼苗生长快、成苗早、能提前移栽等优点。但如果管理不当，亦会造成苗黄、烧苗等不良现象。
（一）密封保温保湿阶段：从播种到出苗，为密封保温保湿阶段。此阶段的长短，取决于当地气温高低和幼苗生长情况。当膜内温度超过30℃时，可在两头进行短时间的通风降温，调节苗床温度和空气，以防幼苗“高腿”徒长和幼苗发黄。
（二）通风降温阶段：幼苗十字叶前后，气温增高，生长加速。晴天中午前后膜内温度可达35℃以上。烟苗受害的界限温度是38℃，故膜内溻度不能超过35℃。超过35℃，如不通风降温，则会引起烟株徒长嫩弱。此期的薄膜管理是决定烟苗壮弱、成败的关键。
开始时通风可先开启苗床两头，以后增加两侧通风孔。一般上午9时到下午4时进行通风。
（三）揭膜炼苗阶段：随季节推进，气温增高，烟苗于5片真叶时开始揭膜炼苗，使烟苗逐渐适应外界环境条件，增强抗逆能力，以达移栽成活率高，还苗早。生产上称此阶段为日通夜闭阶段。于移栽前两周进行日通夜闭炼苗。移栽前几天去除覆盖，日夜炼苗。
二、间苗、定苗、除草和假植
播种量过大，出苗过密，形成“簇生”烟苗，幼苗间的相互抑制作用，是早期生长的一个限制因素。过密时根量小、横向扩展少。簇生烟苗与移后早花呈正相关。故稀播、匀播，早间苗、早定苗，剔除病苗、弱苗、过大过小苗是培育壮苗的重要措施。
为了保证出苗后烟苗的良好生长，生产上多采用一间一定的方法。小十字叶时，掌握苗距1.5厘米间苗，同时彻底清除杂草。大十字叶（3～4片真叶）时，掌握苗距6～7厘米定苗。如果出苗不整齐，或稀密不匀，可两次间苗，一次定苗。即第一次间苗距离1.5厘米，第二次3.5厘米，定苗时6～7厘米。
烟苗生长过程中，对水肥的竞争能力不如杂草。故在间、定苗的同时，要结合除草，必要时另外增加拔草次数，以彻底清除杂草。
假植是苗床缺苗时的补救措施。即在第二次间苗或定苗时，把稠密处的烟苗移栽到稀的地方，由于这次移植并非是移入大田，故生产上习惯称为假植。假植时的烟苗正处于根系扩展阶段，移植断根起到蹲苗作用，烟苗根系较发达。但于烟苗幼嫩阶段过多触摸烟苗，人为的创伤会给病原物提供侵染烟苗的可乘之机，故正常生长的烟苗不必假植。
三、苗床供水
所使用覆盖物不同，将影响灌水次数。如果是盖草帘或其他多孔材料覆盖，干燥天气就需要经常灌水。即使塑料薄膜覆盖也应在浇足底墒水的条件下，根据畦内湿度和烟苗对水分的需要，掌握合理的灌水时间和次数。
出苗前后要保证水分供应。水分过少时表土结壳，早则使烟芽“回芽”，晚则发黄。供水多时，易引起病害和肥料淋溶。浇足底墒水，出苗前后可不浇水。底墒不足时用喷壶轻浇，以保持田间最大持水量的70％左右为宜。生根期适度少水是有利的。5片真叶后要有一定水分，以促进幼苗生长，但要避免水肥过大，造成烟苗徒长。通常移栽前半个月不再供水。
四、追肥
苗床肥料以施足底肥为主，不足时应根据生育特点和当时情况追肥。
苗期追肥以三元复合肥为好。氮肥过多时，烟苗嫩弱。追肥的氮、磷、钾以控制在1∶1∶1为宜。北方烟区于十字叶以后用腐熟的人粪尿或腐熟的饼肥0.1千克左右，或腐熟的鸡粪2～3千克，或硫酸铵、过磷酸钙、硫酸钾各0.1千克溶于20～30升水中，施入10平方米苗床里，然后用清水立即冲洗叶面，以免烧苗。结合浇水使肥料溶解，利于幼苗吸收，苗床肥料应掌握少追、勤追和氮、磷、钾配合的原则。
五、炼苗
炼苗是在烟草幼苗各器官发育平衡，输导组织发育完善之后，使烟苗进行抗寒、抗旱锻炼，提高抗逆力的过程。故虽不投资，而作用甚大。
（一）揭膜炼苗：烟苗5～6片真叶后，中午前后揭去薄膜，进行晒苗。移栽前10～15天可昼晒夜盖，逐渐过渡到昼夜炼苗。此期如遇阴雨，必须将薄膜盖上，否则烟苗遇雨徒长，对壮苗不利。过早揭膜，烟苗生长迟缓，甚至老化。揭膜过晚，则烟苗嫩弱，发育不良，成活率低。
（二）控水炼苗：控水改善了土壤的通气状况，地温相应地有所提高，促进根系的纵横生长。控水降低了细胞膨胀压，增大了烟苗细胞液浓度和糖分含量，使得烟苗的临界含水量降低，抗逆力提高，移栽成活率也高。高温多湿条件下烟苗生长虽迅速，但不健壮。苗床后期控水是炼苗的重要措施。
（三）掐叶炼苗：就是在成苗前的拔梗期，将下部的第一、二片真叶掐掉，并将上部交错的叶片掐去1／3～1／2。生产实践证明，掐叶炼苗有如下作用：第一，可以改善苗床的通风透光条件，消除苗床内的郁闭现象，提高地温。第二，可调节地上部与地下部生长的相互关系，促进茎叶和根系生长良好。第三，可调节烟苗体内有机物的积累和分配，增加烟苗的含糖量，提高烟苗的发根能力。
美国和津巴布韦应用修剪的方法进行炼苗。对即将成苗的烟苗，用花木修剪刀或通过改装行走轮高低的高负压割草机进行修剪，以提高烟苗的整齐度，推迟移栽，并利于拔苗后贮放。