20世纪50年代云南烟区，烤烟全部施肥有机肥，曾提倡烟油配套（一亩烤烟配套一亩油菜），随后提倡施用化肥，化肥用量占总施肥量的20%左右；80年代以来，化肥用量逐年增多，并逐渐代替了有机肥，目前，多数烟田（地）很少甚至不施用有机肥，使土壤受到严重的污染影响烟叶质量，引起各方重视；90年代末期，研究提倡合理施用有机肥，有机肥与无机肥并重的施肥原则，这是用地养地结合的重要而有效的措施。
一、有机肥的主要特性
有机肥是指以植物和动物来源为主的含碳物肥料包括厩肥、堆肥、绿肥、饼肥等。有机肥富含有机质，除氮、磷、钾外，还含有中微量营养元素和生物活性物质（活性酶，氨基酸、糖类等）以及多种有益微生物（固氮菌、纤维分解菌、硝化菌等）可以改良土壤的物理、化学和生物学特性，熟化土壤，培肥地力。在烟草上研究和应用证明，有机氮肥施用量占总施氮量的20%～30%，能促进烟株根系生长，使烟株生长健壮，提高抗逆力，能使烟株前、中、后期的养分平衡供应，满足各个生育时期对营养的需求，协调烟叶中氮、磷，钾营养的分配比例，提高烟叶的产量、品质和效益。
１、作物秸秆
云南烟区历史上有秸秆还田的经验，其还田方式有三种方法。一是垫厩还田（蚕豆秸秆、玉米秸秆、稻草等作为饲料或垫厩原材料，与牲畜粪尿混合成为厩肥还田）；二是堆沤还田（作物秸秆与厩肥、人粪尿、杂草、土混合堆制成堆沤肥还田）；三是秸秆直接还田，其方式是将作物秸秆切成3～4寸长，耕地时直接翻犁入土，也有将稻草，麦秆草或碾碎的秸秆作为小春作物覆盖，小春收获后翻压作肥料；还有冬水田水稻高桩，经过冬春季沤泡，耕翻作肥料，也有将烟杆砍碎还田或将烟杆放入秧田沤泡，秧田整理时将烟杆捞出整地撒秧(播种)既有肥田又有杀虫的效果。云南烟区秸秆养分含量见表1。
云南烟区有在轮作周期内安排一季（小春）种绿肥或在包谷地里套种绿肥，耕地时直接翻犁入土的经验。
２、饼肥
饼肥是指工业生产所用的各种油料种籽提取油脂后的残余物，也叫油枯，主要有菜子饼，豆饼、花生饼等，含有蛋白质，脂肪酸，氮、钾等营养成分，养分齐全，烟田施用饼肥后，土壤中的细菌，放线菌，好气性纤维分解菌和亚硝化细菌数量明显增加；磷酸酶，蔗糖酶、脲酶活性显著增强，是我国传统的烤烟优质肥料。研究结果还显示，施用菜籽饼后，在土壤温度和水分适宜的情况下，施后7天～10天开始释放养分，15天左右养分释放达最高峰，并能持续供肥，施用饼肥后，烟叶颜色、光泽、油分均好，香气足，吃味醇正，具有化肥和其它有机肥不可替代的作用。饼肥应粉碎腐熟后施用，粉碎越细，养分释放越快，烟株吸收利用率越高。云南烟区饼肥养分含量见表1-3。
云南烤烟生产上使用的饼肥主要是菜籽饼，含氮量一般为4-6%，烤烟当季氮素利用率为25-30%。研究结果表明，每亩适宜施用量为20-30㎏，饼肥施用过多，往往会使中上部叶晚熟而烟碱含量进一步提高。
二、坚持有机肥与无机肥配合施用
坚持有机肥和无机肥配合施用是保证烟草农业持续发展的一项重大战略措施。有机肥以基肥为主，饼肥可做追肥及早施，氨态氮肥作基肥深施复土，硝态氮只作追肥不做基肥，钙镁磷做基肥与有机肥料拌合施用，过磷酸钙作追肥兑水浇施为好。
１、有机肥要充分腐熟后施用，最好施用高温腐熟的堆肥，切忌施用未腐熟的生肥。在土壤有机质含量小于2%的土壤上，烟株移栽后可用，一般每亩施用腐熟晒干的堆肥或厩肥500㎏－１00㎏均匀地盖在烟苗周围作盖塘肥；
２、饼肥可做追肥及早施，饼肥（菜籽饼即油枯）腐熟后每亩施20㎏-30㎏。
３、提倡秸秆还田，在前作物中种植绿肥或施用绿肥，是用地养地结合，提高土壤肥力的有效措施。秸秆还田时间可在烤烟移栽的前15～45天进行，用量需根据实际情况定量。秸秆还田方法是将稻草、麦秸、玉米、高梁等秸秆切碎均匀撒施，或耙或犁入0～20cm的土层中。小麦秸、大麦秸、早稻稻秆当季还田后当季栽烟，应适当增加施氮量1-1.5g/千株烟。在酸性和透水性差的土壤上进行秸秆直接还田时，应施入适量石灰（30－40千克/亩），中和秸秆在分解过程中产生的有机酸，以预防中毒和促进秸秆的腐解。此外，秸秆直接还田可能会传染病害，应避免将有病害的作物秸秆直接还田。还田后应保持田间持水量的60～80%。