烟草良种在生产上推广几年后,为避免出现混杂退化现象，必需做好品种提纯复壮工作。品种提纯复壮方法较多。目前烟草上较多采用的是混合选择法，此法简单易行，适用于混杂退化不严重的品种和技术条件较差的单位。对于混杂退化较严重的品种和繁育条件较好的单位，最好采用分系选择法。
1、混合选择法
混合选择法是在某品种相对整齐的群体中(一般是在种子田)，选则具有该品种典型性的健壮烟株。品种混杂退化的主要原因就是选种、留种粗放，后代退化，变异株数逐年增多，品种纯度下降。因此在留种田内，严格选择具有原品种优良性状的典型烟株留种（也可以将选择的植株套袋严格自交），淘汰病株、劣株和杂株，混合收种。
2、分系选择法
该方法又加改良混合选择法。分系选择法的程序可概括为：单株选择——分系比较——混系繁殖。亦即所谓的“两年一圃制”。
第一年单株选择。在纯度较高，生产较好的种子田内广泛选择合乎要求的单株。选择的单株必须具备原品种的典型性。选择最少进行三次，第一次在现蕾前，第二次在开花初期，第三次在青果期。入选单株要实行疏花疏果，每株蒴果数一般不超过五十个。以单株为单位收种，作为下年株系比较鉴定的种子。
第二年分系比较又称株行圃。目的是对上年入选单株在相同条件比较每个单株后代的表现，从中选出整齐一致并具有原品种典型性的优良株株行。每个入选单株种植一行，每行三十株左右，每5～10行设一行对照。对照采用同品种的原种或纯度高的种子。从现蕾到初花期，进行初步选择与淘汰。青果期进行决选，淘汰的株行一般占全部株行的百分之三十到四十。在每一当选株行内选择3～5株套袋自交，混合收种。
第三年混系繁殖。烟草由于繁殖系数大，一般株行圃中采收的原种能够满足种植的需要，因此通常无须进一步繁殖原种。若原种需要量大，可以在原种圃进一步繁殖原种。